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当时 ，美国著名的生物学家们正在争论着一个重大的问题：支配胚胎细胞变异的 ，究竟是内在的(即遗传的)因素，还是外在的(即环境的)因素 。
作为一个生物学研究者 ，摩尔根当然对这个问题很感兴趣 。不过他认为 ，用推理和思辩的方法，不能很好地解决这个争论问题 ，重要的是进行实验。只有通过实验 ，才能得出可靠的和严密的结论 。于是，他进行了大量的实验 。
他首先研究海胆(生活在海底的一种棘皮动物)和蛞蝓(kuòyú，一种软体动物 ，也叫鼻涕虫或蜒蚰)卵的受精作用 ，并且探索不同的盐溶液和重力或无重力对海胆、软体动物和多骨鱼的卵的正常生长过程的影响，接着 ，又实验不同浓度的锂的氯化物在不同阶段上对胚胎的损伤。
经过反复实验 ，摩尔根发现，尽管各种物质障碍能引起这些动物胚胎发育过程的改变 ，但是胚胎还是显示出要达到它既定目标的迹象 。据此 ，他于1902年初发表了一系列论文，指出环境的影响可以在一定程度上制约胚胎的发育过程 ，但是决定发育结果的根本因素 ，还是在于胚胎本身 。
1900年，摩尔根到哥伦比亚大学动物系任教。当时 ，生物学家们正在争论另一个问题：决定性别的因素是什么。一些生物学家认为 ，环境是决定性别的因素，也即是胚胎的性别，取决于发育过程中受到的温度及能得到的养料数量 。他们的根据是 ，自然界中的许多动物尤其是昆虫 ，由于环境条件的不同，会引起性别比率的变化 。而另一些生物学家却认为 ，性别主要是在受精的时刻 ，甚至在这以前，由卵子 、精子或两者兼有的内在因素决定的。他们强调的是遗传在性别方面的决定作用 。
摩尔根对这个问题也很感兴趣 。他在实验的基础上于1903年发表了一篇关于性别决定问题的评论文章。文章指出 ，目前生物学家们对这个问题所持的证据并不充分 。双方仅仅解释了在大多数物种中所发现的1∶1的性别比率 。但是 ，自然界中存在着一些特殊的性别现象，如单性生殖 、雌雄同体、性别反转等等。正确的性别决定理论 ，应该既能解释通常具有1∶1的性别比率 ，又能解释上述特殊的性别现象 。因此，要解决这个问题 ，还必须做大量的实验 。
摩尔根是这样说 ，也是这样做的。1908年，他开始养殖果蝇 。这是一种容易饲养 、生活周期短(约两星期) 、突变性多、唾腺染色体大的昆虫，它适宜于用作遗传学等学科上的实验材料 。两年后 ，他在一只培养瓶里偶然发现 ，有的雄蝇的身上，出现了一个细小而明晰的变异：一般果蝇的眼睛都是红的 ，而这只却是白色的！“怎么会是白色的呢？”摩尔根觉得很奇怪。他让这只白眼睛的果蝇与红眼睛的交配 ，结果繁殖下来的果蝇都是红眼睛的；而让这些繁殖下来的红眼睛的再进行兄妹交配，下一代中又出现了白眼睛的。尤其使他感到惊奇的是 ，这些白眼睛的果蝇 ，绝大多数是雄性的 。
摩尔根据此作出结论：红眼和白眼果蝇的出现，是由它们的遗传因子所决定的：这种特性总是同细胞中决定性别的成分联系在一起 ，染色体实际上是遗传因子的真正携带者 。他把这种现象称为：“性环连 ” ，也即是性染色体上的基因(指存在于细胞内有自体繁殖能力的遗传单位)所表现的特殊遗传现象。
1910年初，摩尔根同他的助手一起 ，在哥伦比亚大学建立了一所实验室 ，专门从事对果蝇的研究 。在这之前，奥地利的遗传学家孟德尔曾根据豌豆杂交试验的结果，于1865年发表了《植物杂交试验》的论文 ，提出了遗传单位(即基因》的概念 ，并且阐明了它的遗传规律 。但是，他所说的基因同染色体之间的关系 ，纯粹是推理性的 ，没有人能看到基因。现在，摩尔根和他的同事们 ，却找到了检验这种推论的方法 。
1911年 ，摩尔根的一名助手首次绘制出了果蝇性别环连基因遗传图 。在摩尔根的主持下，后来其他基因的位置也被确定下来 ，证明基因是成直线排列的。这样 ，摩尔根就成功地创立了基因学说 。
摩尔根留给后人的，不仅仅是基因学说 。在实验方法方面 ，他首先把定量分析方法应用于解决生物学问题 ，从而促使遗传学有了飞跃的发展，并且为现代新兴的一门学科——遗传工程奠定了基础。
摩尔根如何创立基因学说？
DNA分子结构是（ 双螺旋）结构
基因在染色体上的排列呈（线性 ）排列
基因学说的创立者是（ 美）国的（ 莫尔根）
德国的弗莱明发现青霉素 。
奥地利的孟得尔提出孟德尔第一定律 ”和“孟德尔第二定律”，也就是基因分离定律和基因自由组合定律 ，它们揭示了生物遗传奥秘的基本规律 。
至于翁格我就不太清楚了 ，我也无能为力。
拟等位基因的新的学说
摩尔根（１８６６～１９45）摩尔根，美国实验胚胎学家、遗传学家 ，他出生于弗吉尼亚州列克星敦。
摩尔根在肯塔基大学和霍普金斯大学学习生物学 。１９３３年获诺贝尔生理学和医学奖 。
摩尔根发展了孟德尔遗传学理论 ，在果蝇中进行实验遗传学研究，发现伴性遗传规律。与学生们一起在发现连锁 、交换和不分离现象的基础上 ，发展染色体遗传学说 ，认为染色体是孟德尔式遗传性状传递机理的物质基础 。
摩尔根进一步创立基因学说，认为基因是组成染色体的遗传单位 ，证明了基因在染色体上占有一定位置 ，并做直线排列，在个体发育中 ，一定基因在一定条件下 ，控制一定代谢过程 。这体现在一定遗传特性和特征的表现上，基因可通过突变发生变化。
实验室里的“宠物 ”
在孟德尔的理论中，指出遗传和变异是由遗传单位所决定的 。那么遗传单位又是什么呢？
身为哥伦比亚大学生物学教授的摩尔根 ，虽然感受到了孟德尔论文的正确指导性 ，但他对孟德尔的遗传规律还有疑问，他决心要弄清遗传单位的来龙去脉 。
电脑模拟的ＤＮＡ模型
１９０８年 ，作为实验的材料 ，摩尔根在他的实验室里养了成千上万只果蝇。果蝇有许多优点，它身体小 ，占地面积也很小 ，便于研究；饲养很经济，成本很低 ，容易观察 。
从这以后 ，摩尔根和他的助手天天饲养 、观察果蝇 。
１９１０年的一天，摩尔根偶然发现一个培养瓶里的许多红眼果蝇中有一只白眼雄果蝇。这引起了他的极大兴趣 。他让白眼雄蝇与红眼雌蝇交配 ，结果产生的第一代全是红眼蝇 。可是 ，当他让第一代果蝇相互交配时，产生的第二代既有红眼蝇，也有白眼蝇。红眼蝇与白眼蝇的个体数目比例接近３∶１ ，与孟德尔遗传理论的结论相同。这个事实更进一步地证明了孟德尔的理论是正确的 。
经过进一步的深入研究 ，摩尔根证实了孟德尔的理论是完全正确的，而且孟德尔所说的遗传单位就是在染色体上 。１９１５年 ，他写了《孟德尔遗传机制》一书。在书的前言中 ，他写道：“既然染色体提供了孟德尔规律所要求的那样一种确切的机理，既然有日益增多的资料清楚地指明染色体是遗传单位的携带者 ，在这样一种清楚的事实面前闭上眼睛 ，那将是愚蠢的 。 ”像摩尔根这种实事求是的科学作风，一时成了科学界的美谈 。
摩尔根曾诙谐地称自己是一头“实验动物”。他整天待在实验室里 ，与他的“宠物 ”——果蝇打交道 。自从实验取得进展后 ，他的干劲更足了 。他沿着自己开辟的路，乘胜前进。
他的“宠物 ”也不辜负他的厚爱 。摩尔根在它们身上找到了染色体上的基因 ，这也就是孟德尔所说的遗传单位 。
１９２８年 ，摩尔根总结他２０余年研究果蝇的成果，写出了遗传学名著《基因论》。在书中，他叙述了基因学说的内容 。基因学说的创立 ，吹响了向分子遗传学进军的号角 。
有些人并不满足于这种对基因的“串珠概念”的温和修正。自从孟德尔主义兴起之初就有一些生物学家（例如Riddle和Chiid）援引了看来是足够份量的证据反对基因的颗粒学说。位置效应正好对他们有利 。Goldschmidt（1938；1955）这时变成了他们的最雄辩的代言人 。他提出一个“现代的基因学说 ”（1955：186）来代替（基因的）颗粒学说。按照他的这一新学说并没有定位的基因而只有“在染色体的一定片段上的一定分子模式 ，这模式的任何变化（最广义的位置效应）就改变了染色体组成部分的作用从而表现为突变体 。 ”染色体作为一个整体是一个分子“场”，习惯上所谓的基因是这个场的分立的或甚至是重叠的区域；突变是染色体场的重新组合 。这种场论和遗传学的大量事实相矛盾因而未被承认 ，但是像Goldschmidt这样一位经验丰富的知名遗传学家竟然如此严肃地提出这个理论这件事实就表明基因学说还是多么不巩固。从1930年代到1950年代所发表的许多理论性文章也反映了这一点（Demerec ，1938，1955；Muller ，1945；Stadler ，1954） 。
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